第1章 绪论1
1.1 微生物的起源及自身的特点2
1.1.1 微生物的起源与进化2
1.1.2 微生物的特点3
1.2 微生物的命名5
1.3 微生物学及其发展历程6
1.3.1 微生物学科6
1.3.2 微生物学的发展7
1.4 食品微生物学及其发展9
1.4.1 食品微生物学10
1.4.2 食品微生物与未来10

第2章 原核微生物的形态结构与功能16
2.1 原核细胞型微生物概述17
2.2 细菌17
2.2.1 细菌的基本形态17
2.2.2 细菌的大小19
2.2.3 细菌的基本结构20
2.2.4 细菌的特殊结构25
2.2.5 细菌的生长繁殖30
2.2.6 细菌的培养特征30
2.3 古细菌（古生菌、古菌）的形态结构与功能32
2.3.1 古生菌的细胞结构33
2.3.2 古生菌与细菌的主要区别33
2.4 放线菌34
2.4.1 放线菌的形态结构34
2.4.2 放线菌的生长繁殖35
2.4.3 放线菌的培养特征36
2.5 蓝细菌36
2.6 其他原核微生物37
2.6.1 支原体37
2.6.2 衣原体37
2.6.3 立克次氏体37

第3章 真核微生物的形态结构与功能40
3.1 真核细胞型微生物概述41
3.2 酵母菌41
3.2.1 酵母菌的形态与大小41
3.2.2 酵母菌的细胞结构与功能42
3.2.3 酵母菌的生长繁殖42
3.2.4 食品中常见酵母菌及培养特征45
3.3 丝状真菌45
3.3.1 丝状真菌的细胞结构与功能46
3.3.2 菌丝体的形态及其功能48
3.3.3 丝状真菌的繁殖方式50
3.3.4 丝状真菌的培养特征55
3.3.5 食品中常见的丝状真菌55
3.4 蕈菌56
3.4.1 蕈菌的形态结构56
3.4.2 蕈菌的分类57
3.4.3 蕈菌的繁育与栽培57

第4章 非细胞型微生物的形态结构与功能60
4.1 概述61
4.2 病毒与亚病毒因子61
4.2.1 病毒的结构与大小61
4.2.2 病毒的增殖64
4.2.3 病毒的分类与命名68
4.2.4 亚病毒因子69
4.3 人类与病毒共存69
4.3.1 寄生与对抗69
4.3.2 共存和依赖70

第5章 微生物的营养与生长繁殖72
5.1 微生物细胞的化学组成73
5.1.1 水分73
5.1.2 矿物质73
5.1.3 有机物质74
5.2 微生物的营养物质74
5.2.1 微生物营养要素74
5.2.2 微生物培养基76
5.2.3 微生物对营养物质吸收80
5.2.4 微生物的营养类型83
5.3 微生物生长与繁殖84
5.3.1 微生物生长与繁殖概述84
5.3.2 微生物的群体生长繁殖规律85
5.4 微生物生长繁殖的控制88
5.4.1 影响微生物生长繁殖的因素89
5.4.2 微生物生长的控制方法92

第6章 微生物代谢97
6.1 新陈代谢概论98
6.1.1 代谢的基本概念98
6.1.2 微生物代谢的酶学基础98
6.2 分解代谢100
6.2.1 糖类的分解100
6.2.2 蛋白质和氨基酸的分解109
6.2.3 脂肪和脂肪酸的分解109
6.3 合成代谢110
6.3.1 生物合成的三要素110
6.3.2 糖类的生物合成110
6.3.3 氨基酸的生物合成114
6.3.4 脂类的生物合成114
6.3.5 次级代谢物的生物合成115
6.4 微生物的代谢调控117
6.4.1 酶活性调节118
6.4.2 酶合成调节119
6.4.3 代谢的人工控制与应用120
6.5 微生物与合成生物学121
6.5.1 合成生物学概述121
6.5.2 主要底盘微生物124
6.5.3 细胞工厂的构建策略125

第7章 微生物遗传129
7.1 微生物遗传的物质基础130
7.1.1 遗传物质基础的确定130
7.1.2 遗传的物质基础与基因工程132
7.2 微生物的基因结构141
7.2.1 原核微生物基因组142
7.2.2 真核微生物基因组142
7.2.3 特殊遗传结构142
7.3 微生物基因变异与遗传育种144
7.3.1 基因突变144
7.3.2 遗传育种145
7.3.3 菌种分离与筛选151
7.3.4 菌种保藏153
7.4 基因编辑原理与应用154

第8章 微生物分类156
8.1 微生物分类概述157
8.1.1 微生物分类单元157
8.1.2 微生物在生物界中的地位160
8.2 原核微生物的分类系统概要162
8.2.1 细菌的分类原则与层次163
8.2.2 细菌的分类系统165
8.3 真菌分类系统概要166
8.3.1 真菌分类学的主要历史发展时期166
8.3.2 真菌分类系统166
8.3.3 酵母菌的分类系统171
8.4 微生物分类鉴定171
8.4.1 传统经典方法172
8.4.2 化学特征方法173
8.4.3 分子生物学方法175

第9章 微生物生态学179
9.1 生态学基本概念180
9.1.1 生态学与生态系统180
9.1.2 微生物生态学与微生物生态系统182
9.1.3 种群和群落183
9.1.4 环境梯度和耐受限度183
9.2 微生物种群的相互作用184
9.2.1 种群内的相互作用184
9.2.2 种群间的相互作用185
9.3 现代微生物生态学研究方法192
9.3.1 微生物生态学的传统研究方法192
9.3.2 微生物生态学的分子生物学研究方法193
9.3.3 组学时代的微生物生态学研究201
9.4 肠道微生物与人体健康204
9.4.1 人体微生物分布204
9.4.2 肠道微生物与健康208
9.4.3 饮食与肠道微生物209
9.4.4 肠道微生物资源开发211
9.5 群体感应和生物被膜212
9.5.1 群体感应212
9.5.2 生物被膜及其有关机理213
9.5.3 表面环境与生物被膜214

第10章 发酵食品微生物学217
10.1 发酵食品概述218
10.1.1 发酵食品与微生物218
10.1.2 发酵食品的发酵形态222
10.2 豆粮发酵食品与微生物222
10.2.1 酱油与微生物222
10.2.2 酒类与微生物224
10.2.3 食醋与微生物226
10.2.4 面包与微生物228
10.3 乳类发酵食品与微生物228
10.3.1 酸乳与微生物229
10.3.2 干酪与微生物230
10.3.3 开菲尔与微生物231
10.4 果蔬发酵食品与微生物231
10.4.1 发酵水果制品231
10.4.2 发酵蔬菜制品234
10.5 肉类发酵食品与微生物235
10.5.1 发酵香肠与微生物235
10.5.2 发酵火腿与微生物235
10.5.3 传统风吹肉与微生物236
10.5.4 发酵酸肉与微生物237
10.6 水产品类发酵食品与微生物237
10.6.1 发酵鱼露与微生物237
10.6.2 发酵虾酱与微生物238
10.6.3 发酵酸鱼与微生物239
10.7 食品微生物资源开发与利用240
10.7.1 食品微生态制剂240
10.7.2 单细胞蛋白与食品微生物244

第11章 食品原料中的微生物与腐败变质248
11.1 食品生境中微生物的来源与途径249
11.1.1 从土壤生境进入食品250
11.1.2 从水生境进入食品250
11.1.3 从大气生境进入食品250
11.1.4 从人体微生态系进入食品251
11.1.5 其他251
11.2 乳品中的微生物251
11.2.1 乳中微生物的来源及类群251
11.2.2 乳品中微生物的活动规律256
11.2.3 乳品的腐败变质257
11.3 肉类中的微生物258
11.3.1 肉类中微生物的来源及类群259
11.3.2 肉的腐败变质260
11.3.3 肉类中微生物的控制262
11.4 禽蛋中的微生物263
11.4.1 禽蛋中微生物的来源及类群263
11.4.2 鲜蛋的天然防卫机能及腐败变质264
11.5 水产品中的微生物267
11.5.1 新鲜水产品的腐败267
11.5.2 水产制品的腐败268
11.5.3 污染269
11.5.4 控制270
11.6 果蔬中的微生物271
11.6.1 新鲜果蔬中微生物的来源及类群272
11.6.2 微生物引起的果蔬变质272
11.7 粮食中的微生物277
11.7.1 粮食中微生物的来源及类群277
11.7.2 粮食储藏中微生物区系变化的一般规律279
11.7.3 粮食的腐败变质280

第12章 微生物与食物中毒283
12.1 食物中毒概述284
12.2 食源性病原微生物284
12.2.1 食源性致病细菌285
12.2.2 食源性致病真菌296
12.2.3 食源性致病藻类300
12.2.4 食源性病毒301
12.3 微生物食物中毒的处置301
12.3.1 食物中毒调查301
12.3.2 食物中毒报告302
12.3.3 食物中毒处置304
12.3.4 食物中毒评估304
12.3.5 食物中毒预防306

第13章 微生物与免疫309
13.1 免疫系统310
13.1.1 免疫系统的组成310
13.1.2 免疫系统的功能311
13.2 免疫应答311
13.2.1 免疫应答及其过程311
13.2.2 免疫应答的种类311
13.2.3 免疫应答的特点313
13.3 抗原313
13.3.1 抗原的特性314
13.3.2 抗原决定簇314
13.3.3 决定抗原免疫原性的影响因素314
13.3.4 抗原的分类315
13.3.5 超抗原317
13.4 抗体317
13.4.1 抗体与免疫球蛋白317
13.4.2 抗体的分类318
13.4.3 抗体的结构318
13.4.4 抗体的功能320
13.5 淋巴细胞322
13.5.1 T细胞322
13.5.2 B细胞325
13.6 其他免疫细胞和免疫分子328
13.6.1 其他免疫细胞328
13.6.2 细胞因子328
13.6.3 补体330
13.7 体液免疫和细胞免疫331
13.7.1 B细胞介导的体液免疫332
13.7.2 T细胞介导的细胞免疫333
13.8 微生物与食品免疫334
13.8.1 超敏反应334
13.8.2 食物过敏及其微生物性防治335
13.8.3 微生物的免疫调节作用337

第14章 食品卫生微生物学341
14.1 食品卫生与微生物342
14.1.1 指示微生物的概念342
14.1.2 食品微生物检验345
14.2 常见的食品卫生微生物学指标346
14.2.1 菌落总数346
14.2.2 大肠菌群347
14.2.3 霉菌和酵母352
14.2.4 微生物限量及采样方案的选择352
14.3 食品货架期356
14.3.1 质量损失模型357
14.3.2 产品货架期预测模型357
14.3.3 加速货架期预测358
14.4 预测微生物学358
14.4.1 预测微生物学概述358
14.4.2 模型介绍359
14.4.3 预测微生物学的发展前景及应用361