目录__eol__第1篇　树数据的输入/输出及操作__eol__第1章　导入带有数据的树文件 .2__eol__1.1　系统发育树构建概述 2__eol__1.2　系统发育树文件格式 4__eol__1.2.1　Newick树文件 4__eol__1.2.2　NEXUS格式 .5__eol__1.2.3　NHX格式 7__eol__1.2.4　Jplace格式 .7__eol__1.2.5　利用软件输出文件 8__eol__1.3　使用treeio导入树及相关数据 .13__eol__1.3.1　treeio简介17__eol__1.3.2　treeio解析函数演示18__eol__1.3.3　将其他树形对象转换为phylo对象或treedata对象 29__eol__1.3.4　从treedata对象中获取信息 .31__eol__1.4　总结 34__eol__1.5　本章练习题 35__eol__参考文献 .35__eol____eol__第２章　操作含有关联数据的树 .38__eol__2.1　使用tidy接口操作树数据 38__eol__2.1.1　phylo对象38__eol__2.1.2　treedata 对象 40__eol__2.1.3　访问相关节点 41__eol__2.2　数据整合 43__eol__2.2.1　整合树数据 ..43__eol__2.2.2　将外部数据关联到系统发育树 46__eol__2.2.3　对分类单元进行分组 48__eol__2.3　重新设定树的根节点 51__eol__2.4　重新调整分支标尺 55__eol__2.5　对包含数据的树取子集 56__eol__2.5.1　删除系统发育树中的叶节点 56__eol__2.5.2　通过叶节点标签对树取子集 58__eol__2.5.3　通过内部节点编号对树取子集 60__eol__2.6　操作树数据以进行可视化 62__eol__2.7　总结 65__eol__2.8　本章练习题 65__eol__参考文献 .65__eol____eol__第３章　导出含有数据的树 67__eol__3.1　简介 67__eol__3.2　将树数据导出为BEAST Nexus 格式的文件.68__eol__3.2.1　软件输出文件的导出与转换 68__eol__3.2.2　将树与外部数据结合 71__eol__3.2.3　合并不同来源的树数据 72__eol__3.3　将树数据导出为jtree 格式的文件 .74__eol__3.4　总结 77__eol__3.5　本章练习题 77__eol__参考文献 .77__eol____eol__第2 篇　树数据的可视化及注释__eol__第4 章　系统发育树可视化 80__eol__4.1　简介 80__eol__4.2　使用ggtree 包对系统发育树进行可视化 81__eol__4.2.1　基本的系统发育树的可视化 82__eol__4.2.2　系统发育树的布局 83__eol__4.3　绘制树的构成部分 89__eol__4.3.1　绘制树的标尺 89__eol__4.3.2　绘制内/ 外部节点.91__eol__4.3.3　绘制标签 91__eol__4.3.4　绘制根分支 93__eol__4.3.5　给树着色 94__eol__4.3.6　调整进化树标尺 98__eol__4.3.7　修改主题组件 100__eol__4.4　对树列表进行可视化 100__eol__4.4.1　使用不同变量的值注释同一棵树 102__eol__4.4.2　密度树 103__eol__4.5　总结 104__eol__4.6　本章练习题 105__eol__参考文献 .105__eol____eol__第5 章　系统发育树注释 107__eol__5.1　使用图形语法对树进行可视化及注释 107__eol__5.2　进化树注释图层 109__eol__5.2.1　彩色条带 109__eol__5.2.2　突出显示进化枝 112__eol__5.2.3　连接分类单元 114__eol__5.2.4　进化推论的不确定性 116__eol__5.3　使用进化软件输出结果注释树 117__eol__5.4　总结 120__eol__5.5　本章练习题 121__eol__参考文献 .121__eol____eol__第6 章　系统发育树的可视化探索 .122__eol__6.1　查看选定的进化枝 122__eol__6.2　缩小选定的进化枝 124__eol__6.3　折叠及展开进化枝 124__eol__6.4　对分类单元进行分组 127__eol__6.5　对系统发育树结构的探索 128__eol__6.6　总结 133__eol__6.7　本章练习题 133__eol__参考文献 .133__eol____eol__第7 章　绘制含有数据的树 134__eol__7.1　将外部数据映射到树结构 134__eol__7.2　基于树的结构将图与树对齐 136__eol__7.3　对含有关联矩阵的树进行可视化 138__eol__7.4　对含有多序列比对结果的树进行可视化 142__eol__7.5　复合图 143__eol__7.6　总结 145__eol__7.7　本章练习题 147__eol__参考文献 .147__eol____eol__第8 章　使用轮廓图和子图注释进化树 148__eol__8.1　使用图像注释进化树 148__eol__8.2　使用phylopic 注释进化树 149__eol__8.3　使用子图注释进化树 150__eol__8.3.1　使用柱状图进行注释 151__eol__8.3.2　使用饼图进行注释 152__eol__8.3.3　使用多种不同类型的图表进行注释 152__eol__8.4　玩转phylomoji .153__eol__8.4.1　在环形布局或扇形布局的树中使用表情符号 155__eol__8.4.2　使用表情符号作为进化枝标签 156__eol__8.4.3　Apple 彩色表情符号 .157__eol__8.4.4　使用ASCII Art 呈现phylomoji 158__eol__8.5　总结 159__eol__8.6　本章练习题 159__eol__参考文献 .159__eol____eol__第3 篇　ggtree 拓展包__eol__第9 章　对其他树形对象使用ggtree 包 .162__eol__9.1　使用ggtree 包绘制系统发育树对象 162__eol__9.1.1　phylo4 对象和phylo4d 对象 162__eol__9.1.2　phylog 对象165__eol__9.1.3　phyloseq 对象 166__eol__9.2　使用ggtree 包绘制树状图 169__eol__9.3　使用ggtree 包绘制树形网络图 171__eol__9.4　使用ggtree 包绘制其他树形结构 172__eol__9.5　总结 173__eol__9.6　本章练习题 174__eol__参考文献 .174__eol____eol__第10 章　使用ggtreeExtra 包在环形布局上呈现数据 175__eol__10.1　简介 175__eol__10.2　基于树的结构将图与树对齐 175__eol__10.3　在多维数据的可视化中将多个图与树对齐 178__eol__10.4　群体遗传学示例 183__eol__10.5　总结 190__eol__10.6　本章练习题 190__eol__参考文献 .191__eol__第11 章　其他ggtree 扩展包 .192__eol__11.1　使用MicrobiotaProcess 包进行分类学注释 193__eol__11.2　使用tanggle 包可视化系统发育网络图 .194__eol__11.3　总结 195__eol__11.4　本章练习题 196__eol__参考文献 .196__eol____eol__第4 篇　杂项__eol__第12 章　ggtree 包中的实用工具 .198__eol__12.1　分面相关实用工具 198__eol__12.1.1　facet_widths() 函数198__eol__12.1.2　facet_labeller() 函数 200__eol__12.2　几何对象图层 201__eol__12.3　布局相关工具 202__eol__12.4　标尺相关工具 203__eol__12.4.1　扩大指定面板的x 轴范围 203__eol__12.4.2　按一定比例扩大绘图边界 204__eol__12.5　树数据相关工具 206__eol__12.5.1　筛选树数据 206__eol__12.5.2　展开嵌套的树数据 207__eol__12.6　树相关工具 208__eol__12.6.1　提取叶节点顺序 208__eol__12.6.2　在分类单元标签前添加填充字符 210__eol__12.7　交互式ggtree 注释 211__eol__12.8　本章练习题 211__eol____eol__第13 章　可重复示例图库 213__eol__13.1　绘制系统发育树与核苷酸序列之间的距离 213__eol__13.2　以不同的符号点呈现自举值 217__eol__13.3　突出显示不同分组 219__eol__13.4　含有基因组位点结构信息的系统发