第1章 化学信息学导论 1
1.1分子结构与性质的数值化表述及数据收集 1
1.2图论与概率论在分子结构信息中的应用 4
1.3数学建模与信息转化 7
1.3.1甄选输入变量 7
1.3.2数据收集 8
1.3.3数值模型的参数训练与测试 8
1.4受体-配体打分函数模型——从经验化模型到人工神经网络 9
1.4.1主成分分析 10
1.4.2人工神经网络 10

第2章 文献检索概论 13
2.1信息、知识、情报和文献 13
2.2科技文献的级别 14
2.3科技文献类型 15
2.4科技文献的出版形式及科技文献的特点 17
2.4.1科技文献的出版形式 17
2.4.2科技文献的特点 17
2.5科技文献检索概述 18
2.5.1科技文献检索的含义 18
2.5.2文献的存储与检索 18
2.5.3科技文献检索的意义与作用 19
2.5.4科技文献检索工具 19
2.6科技文献检索的途径 20
2.6.1根据文献的外部特征进行检索 20
2.6.2根据文献的内容特征进行检索 21
2.7科技文献的检索方法 21
2.7.1常规法 21
2.7.2追溯法 22
2.7.3循环法（综合法） 22
2.7.4基本检索步骤 23

第3章 化学数据库 24
3.1全文文献数据库 25
3.1.1全文数据库简介 25
3.1.2重要中文全文数据库 25
3.1.3重要英文全文数据库 28
3.2文摘索引数据库 32
3.2.1文摘索引数据库简介 32
3.2.2文摘索引数据库发展趋势及意义 33
3.2.3重要外文文摘索引数据库 33
3.2.4 Web of Science（SCI）数据库的介绍与使用 35
3.2.5 SciFinder（CAS）数据库的介绍与使用 36
3.2.6 X-MOL知识平台 41
3.3特种文献数据库 54
3.3.1专利文献资源与检索 54
3.3.2学位论文资源与检索 55
3.3.3化学事实数据库 55
3.4 AI赋能化学信息检索 56
3.4.1产生背景 56
3.4.2优势与关键技术原理 57
3.4.3主流 AI检索工具 58
3.4.4提示词工程策略 64
3.4.5化学研究中的 AI实战案例 66
3.4.6现存挑战与未来发展趋势 67

第4章化学软件简介与 ChemBioOffice使用 69
4.1化学软件概述 69
4.2化学结构可视化软件 70
4.2.1二维化学结构式绘制软件 70
4.2.2化学三维结构绘制软件 71
4.3数据处理软件 71
4.4文献管理软件 72
4.5谱图解析软件 73
4.6化学计算软件 73
4.7其他软件 74
4.8 ChemBioOffice软件 74
4.8.1 ChemDraw的使用方法 74
4.8.2 ChemDraw的其他功能 80
4.8.3分子模型软件 Chem3D 82

第5章 科学数据处理软件 92
5.1数据分析软件 Origin概述.. 92
5.2 Origin界面简介 93
5.2.1 Origin常用术语 93
5.2.2 Origin菜单介绍 94
5.3 Origin的基本使用 95
5.3.1数据导入 95
5.3.2数据作图 97
5.3.3绘制工作曲线 100
5.3.4区域性拟合 102
5.3.5非线性拟合 104
5.3.6叠图与多 Y轴图的绘制 107
5.3.7多屏图的绘制 109
5.4 R语言概述.. 111
5.5 RStudio界面介绍 112
5.5.1 RStudio 菜单 114
5.5.2 RStudio基础概念与常用术语 114
5.6 RStudio的基本使用 115
5.6.1数据的读取 115
5.6.2高级绘图函数 117
5.7 R语言绘图实例 119
5.7.1基础绘图 119
5.7.2热图绘制 121
5.7.3 3D结构可视化 125
5.7.4主成分分析 125
5.7.5偏最小二乘法分析 127
5.7.6 R语言结合机器学习 128
5.7.7 AI与 R语言结合 129

第6章 图片处理软件 Photoshop 133
6.1科技作图 133
6.1.1科技论文中的图片 133
6.1.2科技论文图表规范 134
6.2绘图基本概念 135
6.3 Photoshop简介 138
6.3.1 Photoshop界面简介 138
6.3.2 Photoshop基本概念 140
6.3.3 Photoshop常用功能 141
6.3.4细胞膜模型的绘制 144
6.3.5组图的绘制 146
6.3.6透视色谱图 148
6.3.7电镜图上色 151

第7章 Adobe Illustrator科研绘图 154
7.1 Illustrator界面介绍 154
7.1.1菜单栏 155
7.1.2工具箱 155
7.1.3工具属性栏 156
7.1.4面板 156
7.2 Illustrator基本概念和常用功能 156
7.2.1路径和锚点 156
7.2.2图层 158
7.2.3画笔 159
7.2.4符号 159
7.3 Illustrator基础操作 159
7.3.1填色和描边 159
7.3.2对象的基本操作方法 162
7.3.3路径查找器 162
7.3.4形状生成器和实时上色工具 164
7.3.5混合工具 166
7.3.6效果滤镜 167
7.4 Illustrator实例绘制 167
7.4.1实例 1——模式图 167
7.4.2实例 2——小肠绒毛细胞 177

第8章核磁共振谱图解析软件 ACD/NMR与文献管理软件 EndNote 187
8.1 ACD/NMR软件介绍 187
8.1.1 ACD/NMR Processor的主要功能 188
8.1.2 ACD/NMR Processor的使用简介 188
8.2文献的引用 194
8.2.1文献的规范化引用 194
8.2.2引用文献的意义 195
8.2.3引用文献注意事项 196
8.3文献管理工具 EndNote 196
8.3.1 EndNote简介 196
8.3.2 EndNote的文献导入与检索 198
8.3.3使用 EndNote插入参考文献 199

第9章 学位论文排版 202
9.1文档的新建与保存 203
9.2页面设置 204
9.2.1页面布局设置 205
9.2.2目录的生成 208
9.2.3分节符 209
9.2.4页眉、页脚、页码的设置 210
9.3样式的使用 213
9.3.1样式的创建 213
9.3.2章节标题的设置与多级列表的使用 215
9.3.3更新目录 225
9.3.4图表的题注和交叉引用 227
9.3.5公式的题注和交叉引用 231
9.4参考文献 235
9.4.1著录项目和著录格式 235
9.4.2利用 EndNote插入参考文献 236
9.5常用的小技巧汇总 236
9.5.1快速定位导航窗格 236
9.5.2三线表的画法 237
9.5.3快捷键 239

参考文献 241